モンド：
本作主人公。東ヨーロッパ某所にて作戦遂行中待ち伏せを受け、一部記憶を失ってしまう。
ジェフティの状況は自分が招いてしまったことだと考えている。
しかし真実は違う、彼は世界を揺るがす陰謀に巻き込まれたのだ…

最終的にジェフティを逃がし、自分は囮となって戦闘を続け瀕死のところを救助される。
2年後の「火種作戦」にも参加し空挺部隊唯一の生き残りとして研究施設に侵入。ジェフティ・ノイエルらを発見するも、ルクサード軍の必死の抵抗、並びに崩壊液によってELID化した兵士との戦闘で脱出できず消息不明となる。


ジェフティ：
自らを「ジェフティ」と名乗る少女。
モンドたちへの待ち伏せ攻撃に巻き込まれ、肉親を失ったという。
モンドのことは信頼しているようであり、ともに行動する。
復讐のために武器を持つ彼女を待ち受ける運命は…

正体は「3女神計画」によって作り出された人間。研究時の番号はG-179、南極軍コードネーム「パン屋」。古代遺跡研究の最重要要素であり、南極・ルクサード連邦ともに全力で彼女を捜索していた。
パン屋作戦終盤、モンドと離れ1人脱出するもルクサード連邦に捕まり人体実験を受け、更に大量のクローン人形を作る計画も行われた。「火種作戦」にてモンドに救出されるも、ルクサード軍兵士・ELIDによって脱出できず、消息不明。


カー大尉：
モンドの上司、内務省所属の経験豊富な老兵。
待ち伏せによってモンドは死んだと思っている。
作戦の裏にある陰謀を嗅ぎとった彼は、真の敵を探すため1人極秘に行動している。

パン屋作戦後の消息は不明、内務省情報部（MID）はパン屋作戦の失敗で大きな痛手を被ったと思われる。



ジェーン：
モンドの旧友であり、現在は南極軍特殊部隊所属。
モンドが消息不明となった際も捜索を続け、彼との合流に成功した。
戦闘ではあらゆる方法でモンドをサポートする、信頼できる人間。

アテナ：
ジェーンの相棒、
外見に似合わず多彩なスキルを持ち、作戦の後方支援を担当する。
モンドが使用する武器のほとんどは彼女作。

2人ともパン屋作戦後の消息は不明


？？？：　（ノイエル）
神秘的な雰囲気を纏った少女、ジェフティと同様銀髪である。
彼女はモンドたちと敵が遭遇しないようサポートしているようであり、
またジェフティを「姉さん」と呼んでいる。
彼女の真の目的とは…

正体は「3女神計画」によって生み出された人間であり、研究時の番号はG-264。ジェフティの妹的存在であり、彼女からは「リゲル」と呼ばれていた。
ジェフティと異なり計画凍結後ルクサード連邦に回収されたが、本編開始時にはジェフティと一緒に行動している。ベリア少佐の発言から、ルクサード側へ位置情報を送る「ビーコン」として送り込まれた模様。ルクサード軍によって１度殺されるも、「教授」の薬によって蘇生。以降はジェフティを捕えるために暗躍する。
モンドたちとの戦闘で死んだと思われたが、後にルクサードへ回収されジェフティとともに実験材料となっている。


ベリア少佐：
ルクサード連邦将校、本名は「ヴィサリオノヴィチ・ベリヤ」
南極のスパイとしてパン屋作戦に参加していた。

実際は二重スパイであり、南極軍を罠にはめジェフティを奪い取るつもりだった。最終的に作戦は失敗し、自身も致命傷を受けて死亡。
名前の由来はスターリンとベリア。


キャンプフィールド大佐：
南極軍特殊部隊「TASA」の将校、作戦後にモンドを救出する。

「火種作戦」では指揮官として作戦の立案・現場指揮をする。しかし崩壊液流出によるELID発生は想定外であり、何とか味方を救出しようとしていたところ、南極軍による弾道ミサイル攻撃に巻き込まれ消息不明となる。


？？？：
ルクサード連邦の科学者、ベリア少佐からは「教授」と呼ばれている。

本名はウィリアム、かつて「3女神計画」に参加しジェフティ・ノイエルを作り上げた。そのため彼女たちを「我が娘」と呼んでいる。

少女前線にも登場しており、ペルシカ・リコリスとともに90wishに所属していた。リコリスのことは殺したいほど憎んでいたらしい。その後「特異点」でカーター将軍とともに鉄血AI奪取に向けて動いていたり、「有序紊流」でNytoを使って指揮官を拷問したりと謎が多い…